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自离用人单位应当结清工资，但劳动者应当赔偿损失。
自离，自动离职，指劳动者根据用人单位和自身情况擅自离职，而强行解除与用人单位的劳动关系的一种行为。因辞职或要求解除合同未准，擅自离职或违约出走；未说明原因不辞而别；受优厚待遇诱惑擅自“跳槽”等均属自动离职。属于违法解除合同，按照《劳动合同法》第九十条和劳动部《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》（劳部发〔1996〕354号）第18条规定，对用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
工资，是指用人单位依据劳动合同的规定，以各种形式支付给劳动者的工资报酬。劳动者付出了劳动，用人单位即应按照合同约定的标准支付劳动报酬。根据劳动部《工资支付暂行规定》第九条规定，用人单位均应在解除合同之时一次性结清工资。
赔偿损失与结清工资是不同是不同的法律关系，二者应当分别计算，合并结算。
《劳动合同法》
第九十条 劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
劳动部
《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》
劳部发〔1996〕354号
18．职工解除劳动合同，应当严格按照《劳动法》的规定，提前三十日以书面形式向用人单位提出。职工自动离职属于违法解除劳动合同，应当按照《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》承担赔偿责任。
劳动部
《工资支付暂行规定》
劳部发〔1994〕489号
第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。